Padova: si fa largo l'ipotesi di un grande ritorno?

Dopo l'ottima stagione con l'Atalanta U23, è tempo di una nuova avventura per Marco Varnier che si è svincolato dalla Dea dopo il termine del contratto. Secondo quanto riportato da Il Gazzettino, il forte centrale è finito nel mirino del Padova che punta al suo ritorno dieci anni dopo l'ultima volta.

Difensore centrale longilineo, che sfrutta il fisico a suo vantaggio negli interventi aerei. Possiede visione di gioco ed è tempestivo negli interventi difensivi. Valido in fase di impostazione e nel palleggio, per questo, a diciannove anni, è stato paragonato a Leonardo Bonucci.

Cresce calcisticamente nel Padova, squadra della sua città natale. Nel 2014, in seguito al fallimento della squadra biancoscudata passa da svincolato nelle giovanili del Cittadella.  Esordisce in prima squadra il 10 dicembre 2015 nella partita degli ottavi di Coppa Italia Lega Pro vinta 2-1 contro il Bassano Virtus.

Esordisce in campionato la stagione successiva, il 30 dicembre 2016, nella partita di Serie B vinta per 2-1 contro la Virtus Entella, le buone prestazioni convincono la squadra granata a non intervenire sul mercato dando fiducia al giocatore.

Nella stagione successiva si conferma titolare e trova il primo gol fra i professionisti il 25 novembre 2017, nella gara vinta per 2-1 contro la Salernitana; a fine stagione viene eletto miglior difensore della Serie B.

Il 2 luglio 2018 passa in prestito con obbligo di riscatto per 5 milioni di euro all'Atalanta, club di Serie A; dopo nemmeno una settimana nel nuovo club, in allenamento, si procura la rottura del legamento crociato, del ginocchio destro, che lo tiene fuori per tutta la stagione.

Il 27 agosto 2019 viene ceduto a titolo temporaneo al Pisa in Serie B. Tuttavia nell'ottobre successivo, nella partita in trasferta giocata a Perugia, si procura nuovamente la rottura del legamento crociato questa volta del ginocchio sinistro costringendolo ad uno stop forzato di almeno sei mesi.

Dopo il suo rientro in campo ottiene 9 presenze in Serie B fino al termine della stagione. Il 10 settembre 2020 il prestito al club toscano viene confermato per un'altra stagione.Il 3 luglio 2021 si trasferisce, sempre a titolo temporaneo, al Como.

Il 2 luglio 2022 viene ceduto in prestito alla SPAL. Segna il suo primo gol con gli estensi il 7 maggio 2023, segnando l'unica rete della sconfitta per 2-1 in casa del Palermo.